Η περίοδος 1959–1974 αποτελεί ίσως το πλέον κρίσιμο και δραματικό κεφάλαιο στην ιστορία του Κυπριακού ζητήματος, καθώς σε αυτό το διάστημα η πολιτική του «εθνικού κέντρου» – δηλαδή της κυβέρνησης των Αθηνών – διαμορφώθηκε μέσα από μια αντιφατική πορεία μεταξύ ρεαλιστικής διαχείρισης και μαξιμαλιστικών στόχων. Η Ελλάδα εντός των πλαισίων που επέβαλλαν οι Συμφωνίες Ζυρίχης και Λονδίνου του 1959, ανέλαβε έναν διττό ρόλο: από τη μία λειτούργησε ως εγγυήτρια δύναμη της κυπριακής ανεξαρτησίας· από την άλλη, επιδίωξε να διατηρήσει ισχυρό έλεγχο στις εξελίξεις του νησιού, ώστε η πορεία του να παραμείνει σε αντιστοιχία με τις εθνικές προσδοκίες της Ένωσης.

Η Κυπριακή Δημοκρατία δεν ήταν αποτέλεσμα εθνικής ολοκλήρωσης, αλλά πολιτικού συμβιβασμού. Οι ελληνοτουρκικές συμφωνίες που την εγκαινίασαν είχαν σχεδιαστεί πρωτίστως με γνώμονα τη γεωπολιτική σταθερότητα του ΝΑΤΟϊκού χώρου, παρά την υλοποίηση της βούλησης των Κυπρίων για ένωση με την Ελλάδα. Η ελληνική κυβέρνηση αποδέχθηκε αυτές τις συμφωνίες ως ένα αναγκαστικό στάδιο, όχι ως τελικό σκοπό. Ήταν ένα τακτικό μέτρο, το οποίο θεωρήθηκε προσωρινό και εν δυνάμει αναστρέψιμο υπό ευνοϊκότερους διεθνείς όρους.

Ωστόσο, το πολύπλοκο σύνταγμα της νεοσύστατης Κυπριακής Δημοκρατίας, με πρόνοιες όπως η εθνοκοινοτική εκπροσώπηση, το δικαίωμα βέτο του Τουρκοκύπριου αντιπροέδρου και η τριμερής εγγυητική αρχιτεκτονική, γρήγορα απέβη δυσλειτουργικό. Η απόπειρα του Μακαρίου να αναθεωρήσει 13 άρθρα του Συντάγματος το 1963 προκάλεσε την αποχώρηση της τουρκοκυπριακής κοινότητας από την κυβέρνηση και την de facto διαίρεση του νησιού. Η Αθήνα βρέθηκε αντιμέτωπο με ένα νέο, απρόβλεπτο περιβάλλον: από τη μία επιθυμούσε να στηρίξει τον Μακάριο· από την άλλη, ανησυχούσε για την ενίσχυση της ανεξαρτησίας της Κύπρου έναντι του στόχου της Ένωσης.

Η κατάσταση επιδεινώθηκε περαιτέρω με την κρίση του 1964, όταν η Τουρκία απείλησε στρατιωτική επέμβαση στην Κύπρο και η Ελλάδα κινητοποίησε στρατιωτικές δυνάμεις, αλλά χωρίς αποτέλεσμα. Οι Ηνωμένες Πολιτείες επενέβησαν διπλωματικά, ανακόπτοντας την προοπτική σύγκρουσης, αλλά οι ελληνοτουρκικές σχέσεις εισήλθαν σε φάση μόνιμης επιφυλακής. Η ελληνική στρατηγική κατά τα μέσα της δεκαετίας του 1960 κυμάνθηκε μεταξύ της στήριξης της νόμιμης κυβέρνησης της Κυπριακής Δημοκρατίας και της διακριτικής υποστήριξης σχεδίων Ένωσης, σε περιβάλλον εσωτερικών και διεθνών περιορισμών.

Το πραξικόπημα της 15ης Ιουλίου 1974, αποτέλεσε την αφορμή για την Τουρκία να εισβάλει στρατιωτικά στο νησί στις 20 Ιουλίου 1974. Η πρώτη φάση της εισβολής (Αττίλας)  είχε ως αποτέλεσμα την κατάληψη περίπου του 3% του εδάφους της Κύπρου. Παρά τις διαπραγματεύσεις στη Γενεύη και τις πιέσεις της διεθνούς κοινότητας, η αποτυχία εξεύρεσης λύσης οδήγησε σε δεύτερη τουρκική προέλαση (Αττίλας ΙΙ), που κατέληξε στην κατάληψη σχεδόν του 37% του κυπριακού εδάφους.

Η ιστορική αποτίμηση της περιόδου 1959–1974 φανερώνει πως η πολιτική του εθνικού κέντρου στο Κυπριακό χαρακτηρίστηκε από έλλειψη στρατηγικής συνέπειας και υπέρμετρη εξάρτηση από συγκυρίες. Ενώ αρχικά υιοθετήθηκε μία τακτική προσωρινής αποδοχής της ανεξαρτησίας, υπό την προοπτική της μελλοντικής ένωσης, στην πορεία το εθνικό κέντρο απέτυχε να ισορροπήσει μεταξύ των εθνικών επιδιώξεων και της διεθνούς πραγματικότητας. Η Κύπρος, αντί να ενωθεί με την Ελλάδα, βρέθηκε διχοτομημένη και εγκλωβισμένη σε ένα καθεστώς de facto διαίρεσης που διαρκεί μέχρι σήμερα.

Η ελληνική εμπλοκή στο Κυπριακό, με το εθνικό κέντρο να λειτουργεί άλλοτε ως καθοδηγητής και άλλοτε ως καταλύτης της κρίσης, αποδεικνύει ότι οι εθνικές επιδιώξεις, όταν δεν συνοδεύονται από νηφαλιότητα, θεσμική σταθερότητα και διεθνή ευθυκρισία, μπορούν να καταλήξουν σε ιστορική καταστροφή. Το δίδαγμα της περιόδου αυτής παραμένει εξαιρετικά επίκαιρο: η εθνική στρατηγική οφείλει να είναι μακρόπνοη, με σαφείς στόχους, και σε διαρκή συνομιλία με τον διεθνή περίγυρο – όχι προϊόν συγκυριακών παρορμήσεων και αυταπατών.