Η Ευρωπαϊκή Εισαγγελία παρουσιάζει ιδιαίτερο ενδιαφέρον διότι δεν λειτουργεί σε ένα αυτοτελές και πλήρως ενωσιακό δικονομικό περιβάλλον. Δεν υπάρχει ενιαίος ευρωπαϊκός κώδικας ποινικής δικονομίας, ούτε ειδικό ευρωπαϊκό ποινικό δικαστήριο ενώπιον του οποίου παραπέμπονται οι υποθέσεις της. Αντιθέτως, η Ευρωπαϊκή Εισαγγελία ενεργεί ως ενωσιακό εισαγγελικό όργανο μέσα στις εθνικές έννομες τάξεις, χρησιμοποιώντας σε μεγάλο βαθμό τα δικονομικά εργαλεία των κρατών μελών και ασκώντας την κατηγορία ενώπιον των εθνικών δικαστηρίων. Αυτή η δικονομική ένταξη αποτελεί ένα από τα πλέον κρίσιμα χαρακτηριστικά του θεσμού και διαφοροποιεί την Ευρωπαϊκή Εισαγγελία τόσο από τους κλασικούς μηχανισμούς δικαστικής συνεργασίας όσο και από ένα υποθετικό πλήρως υπερεθνικό ποινικό σύστημα.

Ο Κανονισμός 2017/1939 καθιερώνει την Ευρωπαϊκή Εισαγγελία ως ενιαίο όργανο της Ένωσης, αλλά συγχρόνως προβλέπει ότι η πρακτική άσκηση των αρμοδιοτήτων της πραγματοποιείται κυρίως μέσω των Ευρωπαίων Εντεταλμένων Εισαγγελέων. Αυτοί εδρεύουν στα κράτη μέλη, διεξάγουν τις έρευνες, ασκούν ποινικές διώξεις και εκπροσωπούν την Ευρωπαϊκή Εισαγγελία ενώπιον των εθνικών δικαστηρίων. Ο θεσμός είναι, επομένως, ενιαίος στο επίπεδο της αποστολής, της αρμοδιότητας και της εσωτερικής διεύθυνσης, αλλά αποκεντρωμένος στο επίπεδο της δικονομικής εφαρμογής. Η διάρθρωση αυτή επιτρέπει στην Ευρωπαϊκή Εισαγγελία να αξιοποιεί τις εθνικές διαδικαστικές υποδομές χωρίς να απεμπολεί την ενωσιακή της ταυτότητα.

Η θέση των Ευρωπαίων Εντεταλμένων Εισαγγελέων είναι η κεντρική δικονομική γέφυρα ανάμεσα στο ενωσιακό και το εθνικό επίπεδο. Οι εντεταλμένοι εισαγγελείς δεν είναι απλοί εθνικοί λειτουργοί που συνεργάζονται με έναν ευρωπαϊκό οργανισμό. Κατά τον χειρισμό υποθέσεων της Ευρωπαϊκής Εισαγγελίας, ενεργούν ως όργανα του ενωσιακού θεσμού, υπό την εποπτεία και καθοδήγηση των αρμόδιων Μόνιμων Τμημάτων και των Ευρωπαίων Εισαγγελέων. Ταυτόχρονα, όμως, κινούνται μέσα στο εθνικό δικονομικό σύστημα: ζητούν ή διενεργούν ανακριτικές πράξεις σύμφωνα με το εφαρμοστέο εθνικό δίκαιο, εμφανίζονται ενώπιον εθνικών δικαστηρίων και υπόκεινται στις διαδικαστικές εγγυήσεις της οικείας έννομης τάξης. Η διπλή αυτή ιδιότητα δεν είναι τυπική ιδιομορφία, αλλά ουσία της λειτουργίας της Ευρωπαϊκής Εισαγγελίας.

Η εφαρμογή του εθνικού ποινικού δικονομικού δικαίου είναι αναγκαία συνέπεια της μη πλήρους ενοποίησης του ευρωπαϊκού ποινικού χώρου. Ο Κανονισμός 2017/1939 ρυθμίζει κρίσιμα ζητήματα αρμοδιότητας, εσωτερικής οργάνωσης, ανάληψης υποθέσεων, διασυνοριακών ερευνών και σχέσης με τις εθνικές αρχές. Δεν ρυθμίζει, όμως, εξαντλητικά κάθε δικονομικό ζήτημα. Για τα μη ρυθμιζόμενα ζητήματα εφαρμόζεται το εθνικό δίκαιο του κράτους μέλους στο οποίο ενεργεί ο Ευρωπαίος Εντεταλμένος Εισαγγελέας. Η λύση αυτή είναι θεσμικά ρεαλιστική, διότι επιτρέπει την άμεση λειτουργία του θεσμού χωρίς προηγούμενη πλήρη ενοποίηση των εθνικών ποινικών διαδικασιών. Παράλληλα, όμως, εισάγει ανομοιογένεια, αφού η Ευρωπαϊκή Εισαγγελία καλείται να λειτουργήσει υπό διαφορετικούς εθνικούς κανόνες ανάλογα με το κράτος μέλος.

Η δικονομική αυτή ανομοιογένεια έχει σημαντικές συνέπειες. Οι προϋποθέσεις διενέργειας έρευνας, κατάσχεσης, δέσμευσης περιουσιακών στοιχείων, άρσης απορρήτου, λήψης καταθέσεων, αξιοποίησης εγγράφων ή πρόσβασης σε ηλεκτρονικά δεδομένα δεν είναι απολύτως ομοιόμορφες σε όλα τα κράτη μέλη. Ο ρόλος του εισαγγελέα, του ανακριτή ή του δικαστή προδικασίας επίσης διαφοροποιείται ανάλογα με τη δικονομική παράδοση κάθε έννομης τάξης. Σε ορισμένα συστήματα η εισαγγελική αρχή διαθέτει ισχυρότερη διευθυντική εξουσία στην προδικασία, ενώ σε άλλα απαιτείται αυξημένη δικαστική παρέμβαση για τη λήψη σημαντικών περιοριστικών μέτρων. Η Ευρωπαϊκή Εισαγγελία λειτουργεί, επομένως, σε περιβάλλον όπου η ενιαία ενωσιακή αρμοδιότητα συναντά τη δικονομική πολυμορφία των κρατών μελών.

Αυτό δεν σημαίνει ότι η ενότητα του θεσμού είναι προσχηματική. Η ενότητα της Ευρωπαϊκής Εισαγγελίας δεν βασίζεται στην πλήρη ομοιομορφία της ποινικής διαδικασίας, αλλά στην ενιαία θεσμική καθοδήγηση και στην κοινή αποστολή. Τα Μόνιμα Τμήματα έχουν ακριβώς τον ρόλο να παρακολουθούν και να κατευθύνουν τις έρευνες, ώστε οι υποθέσεις να μη μετατρέπονται σε αποσπασματικές εθνικές διαδικασίες. Η Ευρωπαϊκή Εισαγγελία εισάγει, έτσι, μια μορφή λειτουργικής ενοποίησης χωρίς πλήρη δικονομική εναρμόνιση. Η επιλογή αυτή αντανακλά τη σημερινή κατάσταση του ενωσιακού ποινικού δικαίου: υπάρχει ενωσιακή ποινική αρμοδιότητα ειδικού σκοπού, αλλά δεν υπάρχει ακόμη πλήρως ενιαίο ευρωπαϊκό δικονομικό σύστημα.

Ιδιαίτερη σημασία έχει η διασυνοριακή διάσταση των ερευνών. Πολλές υποθέσεις της Ευρωπαϊκής Εισαγγελίας δεν περιορίζονται σε ένα κράτος μέλος, αλλά περιλαμβάνουν πράξεις, εταιρικές δομές, οικονομικές μεταφορές ή αποδεικτικά στοιχεία σε περισσότερες έννομες τάξεις. Ο Κανονισμός προβλέπει μηχανισμούς συνεργασίας μεταξύ χειριζόμενων και επικουρούντων Ευρωπαίων Εντεταλμένων Εισαγγελέων, προκειμένου να διευκολύνεται η εκτέλεση μέτρων σε άλλο κράτος μέλος. Η σημασία αυτής της ρύθμισης είναι μεγάλη, διότι μειώνει την εξάρτηση από παραδοσιακές και συχνά αργές διαδικασίες δικαστικής συνδρομής. Η Ευρωπαϊκή Εισαγγελία αποκτά έτσι τη δυνατότητα να αντιλαμβάνεται τη διασυνοριακή υπόθεση ως ενιαίο πραγματικό και νομικό σύνολο και όχι ως άθροισμα απομονωμένων εθνικών τμημάτων.

Η δικονομική ένταξη της Ευρωπαϊκής Εισαγγελίας συνδέεται άμεσα με το ζήτημα του δικαστικού ελέγχου. Οι διαδικαστικές πράξεις της που παράγουν έννομα αποτελέσματα έναντι τρίτων ελέγχονται, κατά κανόνα, από τα αρμόδια εθνικά δικαστήρια. Αυτό είναι εύλογο, διότι οι πράξεις αυτές εντάσσονται σε εθνική ποινική διαδικασία και παράγουν αποτελέσματα εντός της εθνικής έννομης τάξης. Παράλληλα, το Δικαστήριο της Ευρωπαϊκής Ένωσης διατηρεί καίριο ρόλο ως προς την ερμηνεία του ενωσιακού δικαίου, ιδίως μέσω της προδικαστικής παραπομπής. Η κατανομή αυτή δημιουργεί ένα σύνθετο αλλά αναγκαίο σύστημα ελέγχου, στο οποίο η εθνική δικαιοδοσία και η ενωσιακή ερμηνευτική ενότητα λειτουργούν συμπληρωματικά.

Η προστασία των θεμελιωδών δικαιωμάτων είναι καθοριστική για τη νομιμοποίηση της δικονομικής δράσης της Ευρωπαϊκής Εισαγγελίας. Επειδή η Ευρωπαϊκή Εισαγγελία είναι όργανο της Ένωσης, δεσμεύεται από τον Χάρτη Θεμελιωδών Δικαιωμάτων. Επειδή, όμως, ενεργεί μέσα στις εθνικές ποινικές διαδικασίες, οφείλει επίσης να λειτουργεί σε συμβατότητα με τις εθνικές συνταγματικές εγγυήσεις και τις αρχές της Ευρωπαϊκής Σύμβασης Δικαιωμάτων του Ανθρώπου. Το τεκμήριο αθωότητας, το δικαίωμα υπεράσπισης, η πρόσβαση σε δικηγόρο, η ενημέρωση για την κατηγορία, το δικαίωμα δικαστικής προστασίας και η αρχή της αναλογικότητας δεν αποτελούν εξωτερικούς περιορισμούς της αποτελεσματικότητας, αλλά όρους νομιμότητας της ίδιας της εισαγγελικής δράσης.

Η Ευρωπαϊκή Εισαγγελία είναι, τελικά, θεσμός δικονομικής συνάρθρωσης καθώς δεν αντικαθιστά την εθνική ποινική διαδικασία, αλλά την ενεργοποιεί για την προστασία ενός ενωσιακού εννόμου αγαθού. Δεν επιβάλλει πλήρη δικονομική ομοιομορφία, αλλά εισάγει ενιαία εισαγγελική καθοδήγηση σε ένα πολυμορφικό διαδικαστικό περιβάλλον. Αυτή ακριβώς η σύνθεση εξηγεί τόσο τη θεσμική πρωτοτυπία όσο και τις πρακτικές δυσκολίες του θεσμού. Η επιτυχία της Ευρωπαϊκής Εισαγγελίας εξαρτάται από την ικανότητά της να διατηρεί την ενότητα της ενωσιακής αποστολής της χωρίς να παραβιάζει τη δικονομική αυτονομία και τις δικαιοκρατικές εγγυήσεις των κρατών μελών.