Η Ευρωπαϊκή Εισαγγελία μεταβάλλει ουσιωδώς τη σχέση μεταξύ Ευρωπαϊκής Ένωσης και κρατών μελών στο πεδίο της ποινικής προστασίας των οικονομικών συμφερόντων της Ένωσης. Η μεταβολή αυτή συνίσταται στη διαμόρφωση ενός νέου μοντέλου κοινής θεσμικής ευθύνης, όπου η Ένωση αποκτά ειδική εισαγγελική αρμοδιότητα και τα κράτη μέλη παραμένουν αναγκαίοι φορείς δικονομικής εφαρμογής, διοικητικής συνδρομής και δικαστικής κρίσης. Η Ευρωπαϊκή Εισαγγελία είναι, υπό αυτή την έννοια, θεσμός που δεν μπορεί να ερμηνευθεί με τις παραδοσιακές κατηγορίες της αποκλειστικής εθνικής αρμοδιότητας ή της απλής διακρατικής συνεργασίας. 

Καθώς η Ευρωπαϊκή Ένωση δεν διαθέτει γενική ποινική αρμοδιότητα. Κάθε παρέμβασή της στον χώρο της ποινικής δικαιοσύνης πρέπει να στηρίζεται σε συγκεκριμένη νομική βάση των Συνθηκών. Στην περίπτωση της Ευρωπαϊκής Εισαγγελίας, η βάση αυτή είναι το άρθρο 86 ΣΛΕΕ, το οποίο επιτρέπει τη σύσταση εισαγγελικού θεσμού με σκοπό την καταπολέμηση των αδικημάτων που θίγουν τα οικονομικά συμφέροντα της Ένωσης. Η διάταξη είναι θεμελιωτική αλλά και περιοριστική. Θεμελιώνει την ενωσιακή αρμοδιότητα, αλλά την περιορίζει σε συγκεκριμένο αντικείμενο. Έτσι, η Ευρωπαϊκή Εισαγγελία δεν μπορεί να θεωρηθεί γενικό όργανο ποινικής καταστολής· είναι όργανο ειδικής αρμοδιότητας, το οποίο λειτουργεί εκεί όπου η ίδια η Συνθήκη αναγνωρίζει την ανάγκη ενωσιακής ποινικής προστασίας.

Η σχέση με τα κράτη μέλη διαμορφώνεται επίσης υπό το πρίσμα της αρχής της επικουρικότητας. Η ίδρυση της Ευρωπαϊκής Εισαγγελίας δικαιολογείται από το γεγονός ότι η προστασία των οικονομικών συμφερόντων της Ένωσης δεν μπορούσε να εξασφαλιστεί πάντοτε επαρκώς από τα κράτη μέλη ενεργούντα μεμονωμένα. Τα αδικήματα που εμπίπτουν στην αρμοδιότητα της Ευρωπαϊκής Εισαγγελίας έχουν συχνά διασυνοριακή διάσταση, εμπλέκουν περισσότερες έννομες τάξεις, αξιοποιούν διαφορές στα εθνικά δίκαια και εκμεταλλεύονται την καθυστέρηση της παραδοσιακής δικαστικής συνεργασίας. Η ενωσιακή παρέμβαση δεν θεμελιώνεται σε αφηρημένη δυσπιστία προς τα κράτη μέλη, αλλά στην αντικειμενική διαπίστωση ότι το προσβαλλόμενο έννομο αγαθό είναι κοινό και η προσβολή του συχνά υπερβαίνει την εθνική κλίμακα.

Η Ευρωπαϊκή Εισαγγελία δεν υποκαθιστά γενικώς τις εθνικές εισαγγελικές αρχές. Τα κράτη μέλη διατηρούν τα ποινικά τους δικαστήρια, τις εισαγγελικές δομές τους, τις ανακριτικές αρχές και τους κανόνες ποινικής δικονομίας. Ωστόσο, όταν μία υπόθεση εμπίπτει στο πεδίο αρμοδιότητας της Ευρωπαϊκής Εισαγγελίας, η εθνική αρμοδιότητα αναδιατάσσεται. Η Ευρωπαϊκή Εισαγγελία μπορεί να αναλάβει την υπόθεση και να κατευθύνει την έρευνα και τη δίωξη μέσω των Ευρωπαίων Εντεταλμένων Εισαγγελέων. Η σχέση δεν είναι σχέση πλήρους υποκατάστασης, αλλά σχέση λειτουργικής προτεραιότητας του ενωσιακού θεσμού. Η εθνική διαδικασία παραμένει το πεδίο εφαρμογής, αλλά η ενωσιακή εισαγγελική αρμοδιότητα καθορίζει την κατεύθυνση της υπόθεσης.

Το δικαίωμα ανάληψης υπόθεσης αποτελεί τον κεντρικό μηχανισμό αυτής της λειτουργικής προτεραιότητας. Οι εθνικές αρχές οφείλουν να ενημερώνουν την Ευρωπαϊκή Εισαγγελία για πραγματικά περιστατικά που μπορεί να εμπίπτουν στην αρμοδιότητά της. Εάν η Ευρωπαϊκή Εισαγγελία κρίνει ότι πληρούνται οι προϋποθέσεις του Κανονισμού, μπορεί να αναλάβει την υπόθεση. Από το σημείο αυτό οι εθνικές αρχές οφείλουν να απέχουν από κάθε ενέργεια που θα μπορούσε να παρεμποδίσει την έρευνα ή να υπονομεύσει την ενιαία διαχείρισή της. Το δικαίωμα ανάληψης διαφοροποιεί αποφασιστικά την Ευρωπαϊκή Εισαγγελία από όργανα απλής συνεργασίας. Δεν ζητεί απλώς τη συνδρομή των κρατών μελών· ενεργοποιεί ενωσιακή αρμοδιότητα που παράγει δεσμευτικές συνέπειες για τις εθνικές αρχές.

Η υποχρέωση συνεργασίας των κρατών μελών δεν είναι απλώς τεχνική υποχρέωση του Κανονισμού. Ερείδεται βαθύτερα στην αρχή της καλόπιστης συνεργασίας του άρθρου 4 παράγραφος 3 ΣΕΕ. Η αρχή αυτή επιβάλλει στα κράτη μέλη να λαμβάνουν όλα τα αναγκαία μέτρα για την εκπλήρωση των υποχρεώσεων που απορρέουν από το ενωσιακό δίκαιο και να απέχουν από μέτρα που θα μπορούσαν να θέσουν σε κίνδυνο την επίτευξη των σκοπών της Ένωσης. Στο πλαίσιο της Ευρωπαϊκής Εισαγγελίας, η καλόπιστη συνεργασία έχει πρακτικό περιεχόμενο: έγκαιρη ενημέρωση, παροχή αποδεικτικών στοιχείων, συνδρομή σε ανακριτικές πράξεις, πρόσβαση σε φορολογικά ή τελωνειακά δεδομένα σύμφωνα με το νόμο, συντονισμός με εθνικές αστυνομικές και διοικητικές αρχές και αποφυγή παράλληλων ενεργειών που θα μπορούσαν να προκαλέσουν συγκρούσεις ή καθυστερήσεις.

Η ανεξαρτησία της Ευρωπαϊκής Εισαγγελίας έναντι των κρατών μελών είναι αναγκαία ακριβώς επειδή οι υποθέσεις της μπορεί να αγγίζουν εθνικές διοικήσεις, δημόσιες συμβάσεις, φορείς διαχείρισης ενωσιακών πόρων ή εσωτερικούς μηχανισμούς ελέγχου. Αν ο θεσμός μπορούσε να επηρεαστεί από εθνικές κυβερνήσεις ή διοικητικές δομές, η αποστολή του θα αναιρείτο. Η ανεξαρτησία, όμως, δεν σημαίνει απομόνωση. Η Ευρωπαϊκή Εισαγγελία χρειάζεται τα κράτη μέλη για να λειτουργήσει. Χρειάζεται τα εθνικά δικαστήρια για την εκδίκαση, τις εθνικές αρχές για την εκτέλεση μέτρων, τις εθνικές διοικήσεις για την παροχή πληροφοριών και τους εθνικούς δικονομικούς κανόνες για τη νομιμοποίηση της διαδικαστικής πορείας. Η σχέση είναι, συνεπώς, σχέση ανεξάρτητης ενωσιακής διεύθυνσης και αναγκαίας εθνικής συμμετοχής.

Η θέση των Ευρωπαίων Εντεταλμένων Εισαγγελέων εκφράζει αυτή την ιδιότυπη ισορροπία. Οι Εντεταλμένοι Εισαγγελείς βρίσκονται στο εθνικό επίπεδο, αλλά δεν υπάγονται σε εθνικές οδηγίες όταν ενεργούν για την Ευρωπαϊκή Εισαγγελία. Η ευρωπαϊκή τους ιδιότητα πρέπει να προστατεύεται από κάθε εθνική παρέμβαση που θα μπορούσε να αλλοιώσει την αμεροληψία ή την αποτελεσματικότητα της έρευνας. Ταυτόχρονα, η ένταξή τους στο εθνικό δικαιικό περιβάλλον είναι αναγκαία, διότι αυτοί γνωρίζουν το εθνικό δίκαιο, τις εθνικές διαδικασίες, τις δικαστικές πρακτικές και τις πρακτικές συνθήκες εκτέλεσης των μέτρων. Ο Εντεταλμένος Εισαγγελέας είναι επομένως φορέας διπλής λειτουργικής νομιμοποίησης: ενωσιακής ως προς την αποστολή, εθνικής ως προς το δικονομικό περιβάλλον.

Η σχέση Ένωσης και κρατών μελών στο πλαίσιο της Ευρωπαϊκής Εισαγγελίας μπορεί να περιγραφεί ως αναδιάταξη και όχι ως κατάργηση κυριαρχίας. Η κρατική ποινική κυριαρχία δεν εξαφανίζεται, αλλά ασκείται πλέον υπό ενωσιακές δεσμεύσεις σε ένα ειδικό πεδίο. Τα κράτη μέλη δεν χάνουν τα δικαστήριά τους ούτε τους δικονομικούς τους κανόνες, αλλά υποχρεούνται να αποδεχθούν την προτεραιότητα του ενωσιακού θεσμού όταν πρόκειται για προσβολές των οικονομικών συμφερόντων της Ένωσης. Η Ένωση, από την άλλη πλευρά, δεν αποκτά πλήρη ποινική κυριαρχία, αλλά ειδική εισαγγελική ικανότητα, στενά συνδεδεμένη με το προστατευόμενο έννομο αγαθό και τα όρια των Συνθηκών.

Το μοντέλο αυτό είναι χαρακτηριστικό της ώριμης ενωσιακής ολοκλήρωσης. Η Ένωση δεν αντικαθιστά το κράτος μέλος, αλλά το εντάσσει σε ένα σχήμα κοινής ευθύνης. Τα κράτη μέλη δεν λειτουργούν ως απλοί εκτελεστές ενωσιακών εντολών, αλλά ως αναγκαίοι θεσμικοί εταίροι. Η Ευρωπαϊκή Εισαγγελία δεν μπορεί να επιτύχει χωρίς εθνική συνεργασία, αλλά η εθνική συνεργασία δεν είναι πλέον προαιρετική· είναι νομικά δεσμευτική. Η ισορροπία αυτή είναι λεπτή, αλλά ακριβώς σε αυτήν εντοπίζεται η πρωτοτυπία του θεσμού. Πρόκειται για μία νέα μορφή ενωσιακής ποινικής διακυβέρνησης, όπου η αποτελεσματικότητα, η εθνική δικονομική αυτονομία και η ενωσιακή προτεραιότητα πρέπει να συνυπάρχουν.

Συμπερασματικά, η Ευρωπαϊκή Εισαγγελία αναδιαμορφώνει τη σχέση Ένωσης και κρατών μελών χωρίς να την απλοποιεί. Δεν πρόκειται ούτε για κλασική ομοσπονδιακή υπαγωγή ούτε για χαλαρή διακρατική συνεργασία. Πρόκειται για θεσμική συνάρθρωση, στην οποία η Ένωση αποκτά ειδική εισαγγελική αρμοδιότητα και τα κράτη μέλη διατηρούν τον δικονομικό και δικαιοδοτικό τους ρόλο. Το αποτέλεσμα είναι ένα σύνθετο αλλά λειτουργικά αναγκαίο σχήμα, που ανταποκρίνεται στη φύση των εγκλημάτων κατά των οικονομικών συμφερόντων της Ένωσης και στη σημερινή δομή της ευρωπαϊκής έννομης τάξης.